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トトレキサートの作用機序にはいくつかの側面がありますが、葉酸代謝の阻害と抗炎症・免疫調節作用が主なポイントです。 メトトレキサートは葉酸（フォレート）の働きを阻害する抗葉酸代謝薬です。この作用により、細胞が増殖する際に必要な葉酸経路をブロックします。そしてその効果は、特に増殖の早い免疫細胞の働きを抑えます。関節リウマチで用いる低用量（週7.5〜25mg程度）でも免疫細胞の過剰な増殖を抑える効果があります。